学校严格按照四川省教育主管部门及物价部门规定的标准执行。
口腔医学、麻醉学、临床医学、中西医临床医学、中医学、护理学、药学、中药学、临床药学、医学影像学、医学检验技术、预防医学、康复治疗学、医学影像技术、食品卫生与营养学、儿科学、卫生检验与检疫等17个专业学费标准5000元/生·学年。
为激励学生勤奋学习,积极向上,创建优良的学风和校风,西南医科大学设立了包括国家奖学金(8000元/生·年)等国家类奖学金;学校新生奖学金(2000元/生·年)、校内优秀学生奖学金(600-200元/生·学期)等校园类奖学金;泸州老窖奖学金(1000元/生·年)、科瑞德奖学金(2000元/生·年)、江之阳奖学金(1000元/生·年)、金伯利钻石十大学习之星奖学金(1500元/生·年)等社会类奖学金。